三峡库区生态环境教育部重点实验室（以下简称实验室）于2003年11月获教育部批准立项建设，2006年6月通过验收。实验室依托重庆大学与西南大学的相关学科群，立足三峡库区，定位于应用基础研究。
实验室面向“长江经济带绿色发展”和“长江上游生态屏障建设”的国家战略需求，以三峡库区水环境、自然生态系统和城镇生态系统为主要研究对象，对水库运行期间库区生态环境的演变规律、综合调控理论与关键技术开展系统研究，为保障三峡水库安全稳定运行及库区社会经济的健康发展提供科技支撑。实验室致力于成为既能为地方和国家战略服务，又能开展高水平科研创新的国内外一流重点实验室。
实验室主要研究方向：
水环境演变机制及质量安全保障：聚焦水质演变过程与机制，研发水环境智能感知、污染溯源与精准修复技术及政策保障体系。
水生态系统响应及结构调控：研究淡水生态系统的结构与功能，揭示水文情势变化下水生生物群落的适应机理与微生物对生源要素循环的调控作用，阐明淡水网络多样性维持与群落稳定性机制。
陆生生态系统演变机制与保护：关注森林生态系统与生物多样性，开展自然保护地体系优化、森林碳储量维持机制及生态恢复重建研究。
城镇人居生态环境系统营造：针对城镇生态规划与建筑环境，研发健康室内环境低碳营造、多能互补能源系统及绿色建筑关键技术。
主要成果与条件：
实验室现拥有12000平方米的办公和实验用房，仪器设备总值逾1.05亿元，并建有多个国家及省部级野外科学观测研究站。近五年来，实验室承担了大量国家级项目，成果丰硕。仅2025年度，实验室便获批科研项目192项，总经费9945万元；获省部级科技成果奖9项；发表SCI论文286篇（含Nature子刊9篇）；获权发明专利59件。代表性成果已广泛应用于长江流域水环境治理、库区生态修复及绿色建筑推广，取得了显著的经济社会效益。
网址：http://www.sanxia.cqu.edu.cn
